数据结构与算法
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TCGAbiolinks包报错：“Can't subset columns past the end”

TCGAbiolinks包报错：“Can't subset columns past the end”

2022年4月，TCGA数据库进行了一次更新，原来的HT-RNASeq数据被替换成了Star-RNASeq，这导致原有的TCGAbiolinks包能正常下载数据，但是不能用GDCprepare函数正常合并下载的数据集。如果用之前版本的包，在尝试这一步的时候会报错。 ERROR: Can't subset columns past the end 解决的办法就是升级TCGABiolinks这个包，
数据结构与算法 2025年06月18日
多线程事务怎么回滚

多线程事务怎么回滚

背景介绍 1.最近有一个大数据量插入的操作入库的业务场景,需要先做一些其他修改操作,然后在执行插入操作,由于插入数据可能会很多,用到多线程去拆分数据并行处理来提高响应时间,如果有一个线程执行失败,则全部回滚. 2.在spring中可以使用@Transactional注解去控制事务,使出现异常时会进行回滚,在多线程中,这个注解则不会生效,如果主线程需要先执行一些修改数据库的操作,当子线程在进行处理出
数据结构与算法 2025年04月18日
Select基础查询

Select基础查询

一、select命令格式 查看表里的行：select 表头名列表 from 库名.表名； 查看表里与条件匹配的行：select 表头名列表 from 库名.表名 where 查询条件 ； 二、where的基础条件 分类 命令/符号/... 说明 数值比较 = 相等 != 不相等 > 大于 >= 大于等于 < 小于 &l
数据结构与算法 2025年06月15日
Seurat分组随机选取细胞数实战（随机采样后找亚群DEG） 2022-06-01

Seurat分组随机选取细胞数实战（随机采样后找亚群DEG） 2022-06-01

关键词 随机取样细胞 Downsample cells 分组随机选取细胞 适用背景 之前的博客提到，R语言处理大数据效率较低，耗时长，一种解决方案是可以转用Python语言流程，但如果对Python语言比较陌生，任务又急，那可以采用另一种方案——分组随机取样。 尽管Seurat这个软件包功能极其强大，但是当细胞数达到几十万甚至上百万时，把常规流程跑一遍少则几天，多则几周，实在是极其消耗时间。而
数据结构与算法 2025年04月13日
每天一个关键词，0基础非专业人士的SQL学习攻略大纲，像使用excel一样使用SQL

每天一个关键词，0基础非专业人士的SQL学习攻略大纲，像使用excel一样使用SQL

毫无疑问现在是一个数据的时代，我们的工作就是在跟各种各样的数据打交道，所以懂得数据分析数据处理就很重要，但是一说到数据或者是数据库，总有一种让人觉得很难的感觉，一想到要去写代码就感觉这不是一个非技术人员可以搞定的事情。 但是，同样是写SQL命令，如果我们的目标并不是为了成为一名程序员，我们不需要去考虑代码的优化，各种各样的配置等等的问题，只是把SQL当作是Excel一样，用来处理工作中的一些数据查
数据结构与算法 2025年05月23日
当代码开始替我们心动，算法时代的罗曼蒂克消亡录

当代码开始替我们心动，算法时代的罗曼蒂克消亡录

文章目录 第一章 数字红线的编织逻辑 1.1 婚恋市场的梯度下降 1.2 情感神经网络的过拟合 第二章 量化爱情引发的数据危机 2.1 心动指标的标准化困境 2.2 数字分身带来的认知失调 第三章 算法黑箱中的认知革命 3.1 反向传播的社交礼仪 3.2 注意力经济的爱情买卖 第四章 技术迷雾中的人性微光 4.1 无法编码的瞬间 4
数据结构与算法 2025年06月10日
肝了三晚，终于吃透了Druid连接池

肝了三晚，终于吃透了Druid连接池

前言 作为一个java程序员，数据库的JDBC几乎每天都在做，数据库连接池Druid每天也在使用，但可能用起来太简单了(spring中引入依赖即可)，往往忽略了连接池的意义和优化 本文从源码的角度分析Druid的常用配置及原理 连接 当我们程序需要访问数据库时，需要创建一个本地到数据库服务的网络连接，此时本地代码就相当于一个数据库的客户端，可以通过这个连接去访问数据、执行sql，如下 Driver
数据结构与算法 2025年05月04日
iTAK：在线预测全基因组转录因子TF，转录调节因子TR与蛋白激酶PK

iTAK：在线预测全基因组转录因子TF，转录调节因子TR与蛋白激酶PK

前言 康奈尔大学，FeiLab的一个预测工具。 iTAK 是依赖于数据库的用于从蛋白质或核苷酸序列中识别植物转录因子 (TF)、转录调节因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)，然后将单个 TF、TR 和 PK 分类为不同的基因家族的工具。 本人能力有限，本文可能存在描述不当与错误的地方，请仔细辨别后使用。 鉴定与依据 TFs 和 TRs 的识别和分类是基于主要从 PlnTFDB (Perez-Rod
数据结构与算法 2025年06月26日