单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图
1.背景
单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后,一般需要对查到的差异基因可视化,用来显示基因和细胞群的相关性,进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可视化的方式有非常多,例如feature plot, violin plot, dot plot等,但是问题在于差异基因分析后,如何快速将每个细胞簇所对应的top deg汇总,然后再对接函数绘制成图像。
Seurat的操作比较简
