from PIL import Image
import os
import numpy as np
import torch
import torch.nn as nn
import copy
from torch.autograd import Variable
from torchvision import models
import matplotlib.cm as mpl_color_m
本教程使用Seurat包进行10x Visium单细胞空间转录组数据分析。
这个教程涉及:
标准化
降维和聚类
检测空间差异表达基因
交互可视化
与单细胞转录组整合分析
整合切片信息
#1. R环境
## 检查Seurat版本
本教程:Seurat (>=3.2)
help(Seurat)
## 安装包:
# Enter commands in R (or R studio, if i