本教程使用Seurat包进行10x Visium单细胞空间转录组数据分析。
这个教程涉及:
标准化
降维和聚类
检测空间差异表达基因
交互可视化
与单细胞转录组整合分析
整合切片信息
#1. R环境
## 检查Seurat版本
本教程:Seurat (>=3.2)
help(Seurat)
## 安装包:
# Enter commands in R (or R studio, if i
批量测序实验(单组学和多组学)对于探索广泛的生物学问题至关重要。为了促进交互式、探索性任务以及共享易于访问的信息,《Briefings in Bioinformatics》发表了一个集成了最先进方法的工具包:bulkAnalyseR,可以处理不同的模式数据(转录、表观、时空等),促进顺式,反式和定制调控网络的强大集成和比较。
bulkAnalyseR是什么?
bulkAnalyseR
from PIL import Image
import os
import numpy as np
import torch
import torch.nn as nn
import copy
from torch.autograd import Variable
from torchvision import models
import matplotlib.cm as mpl_color_m